Whole genome sequencing as a tool to understand the epidemiology of Salmonella in integrated poultry companies

Abstract

[ver]Dada la ubicuidad de Salmonella, la contaminación por este patógeno es un desafío para las integraciones avícolas. El objetivo de este estudio fue investigar la dinámica de contaminación de Salmonella en dos empresas avícolas integradas usando secuenciación de genoma completo (WGS). Se secuenciaron cepas de las integraciones A (n=68) y B (n=175) según el protocolo armonizado por GenomeTrakr / CDC PulseNet. Las secuencias se analizaron en Enterobase para designar serotipos, MLST y realizar el análisis de clonalidad. Se identificaron genes de resistencia a antimicrobianos (GR), virulencia y resistencia a desinfectantes, así como los plásmidos que los contenían. Se identificaron doce serotipos, S. infantis fue el más frecuente (82 %). S. infantis y S. Amsterdam estuvieron presentes en ambas empresas, mientras que los otros serotipos se encontraron en una sola empresa. Más del 98 % de las cepas de S. infantis contenían GR a más de tres clases de antibióticos, desinfectantes y metales pesados. Todas las cepas de S. infantis pertenecían a ST-32 y contenían genes de virulencia relevantes. Además, el plásmido pESI-like se observó en el 87 % de estas cepas. El análisis de clonalidad mostró que algunos genotipos que contaminan carcasas podían rastrearse hasta el nivel de la granja mientras que otros eran capaces de colonizar múltiples granjas. Además, algunos genotipos solo se detectaron en los mataderos, lo que sugiere la posibilidad de eventos de contaminación cruzada en este nivel. Notablemente, los genotipos originados en planta de balanceados fueron genéticamente únicos. Este estudio demuestra la utilidad de los WGS para comprender la distribución y persistencia de Salmonella en integraciones avícolas. S. infantis, con una alta prevalencia y resistencia, representa una amenaza en términos de inocuidad alimentaria. Los resultados de este tipo de análisis ayudan a implementar intervenciones orientadas al control de Salmonella en la industria avícola.